Terbentuknya Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia merupakan prakasa Doktor Mochtar, Kepala Departemen Kesehatan Masyarakat dan Komunitas Kedokteran FKUI. Bekerjasama dengan USAID, program yang pertama kali ditawarkan adalah SKM yang setara dengan Magister Kesehatan Masyarakat.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No. 26 Tahun 1965 tanggal 26 Februari 1965, diputuskan bahwa Fakultas Kesehatan Masyarakat dibentuk di bawah naungan Universitas Indonesia. Kemudian melalui Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No. 153 Tahun 1965, ditetapkan tanggal berdirinya FKM UI yaitu pada tanggal 1 Juli 1965.
Pada tahun 1987 Program Sarjana Kesehatan Masyarakat dibuka guna memenuhi syarat sebagai fakultas sesuai dengan Undang-Undang Pendidikan di Indonesia. Selanjutnya sejak 1990 FKM UI menawarkan pendidikan magister di bidang Ilmu Kesehatan Masyarakat diikuti dengan dibukanya program magister lain seperti Kajian Administrasi Rumah Sakit, Epidemiologi dan Keselamatan dan Kesehatan Kerja. Pada tahun 1994 FKM UI membuka Diploma III (suatu program vokasi 3 tahunan setelah pendiidkan SMA dalam berbagai bidang kesehatan). Namun untuk memenuhi tuntutan visi universitas yang lebih mengedepankan riset dan menjadi universitas kelas dunia program tersebut ditutup pada tahun 2004. Saat ini program diploma di tingkat universitas diampu oleh Fakultas Vokasi UI.
Di tahun 2013 FKM UI telah berkembang menjadi penyedia jasa pendidikan kesehatan masyarakat mulai dari Program Sarjana, Magister dan Doktor, serta memiliki 12 pusat kajian, 7 departemen, 2 kelompok studi, 10 program studi disemua jenjang (Sarjana, Magister, dan Doktor), 12 pusat penelitian, 2 Kelompok Studi, dan 2 Pusat Keunggulan
Sesuai dengan tuntutan zaman dan perubahan yang tidak bisa dihindari, dengan menyandang predikat sebagai fakultas tertua dalam bidang kesehatan masyarakat, FKM UI terus melakukan perbaikan dan mengevaluasi diri agar tetap menjadi yang terdepan dalam ilmu kesehatan masyarakat
“Mendukung pencapaian Visi Universitas Indonesia dengan menjadikan Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia pusat pengembangan ilmu, teknologi, dan pendidikan kesehatan masyarakat bereputasi internasional yang berperan aktif dalam pengembangan profesi kesehatan masyarakat dan gerak pembangunan kesehatan di Indonesia dan Asia Tenggara”
“Menjadikan FKM UI pusat pengembangan watak, moral, etika, dan budaya Bangsa Indonesia melalui penyelenggaraan program pendidikan yang berorientasi pada pengembangan integritas, wawasan, intelektualitas, profesionalime, dan kepekaan sosial lulusan”
“Menjadikan FKM UI pusat pengembangan ilmu dan teknologi kesehatan masyarakat melalui kegiatan penelitian yang menghasilkan karya ilmiah bermutu tinggi, kreatif, inovatif, dan berhasil guna”
“Menjadikan FKM UI pusat rujukan bagi pengembangan dan pembangunan kesehatan masyarakat dengan cara memperluas akses masyarakat terhadap program pendidikan, pelatihan dan pelayanan yang diselenggarakan serta ilmu pengetahuan, teknologi, dan inovasi yang dihasilkan”
“Menjadikan FKM UI penggerak pembangunan kesehatan nasional dan regional melalui partisipasi aktif dalam membangun kemampuan dan upaya masyarakat untuk menyelesaikan berbagai masalah kesehatan”
“Meningkatkan kapasitas sumber daya dan manajemen FKM UI untuk mendukung terselenggaranya Tri Dharma Perguruan Tinggi secara efektif dan efisien”
